Pertimbangan yang digunakan dalam perencanaan tata massa bangunan RSU PKU Muhammadiyah Mojoagung Jombang adalah: efisiensi dan efektifitas bangunan dan infrastruktur, totalitas dan integritas bangunan, standar kenyamanan, keamanan dan kesehatan, serta ketersediaan ruang terbuka hijau.

Pengembangan awal adalah Pembangunan fasilitas IGD, unit bedah, unit VK, penunjang medik, ICU, dan poliklinik serta fasilitas parkir dan landscape tahap 1. Tahap selanjutnya adalah pembangunan kantor administrasi, fasilitas ruang pertemuan dan pengembangan poliklinik (lantai 2). Kemudianpembangunan fasilitas IRNA tahap 1, pembangunan fasilitas servis (dapur, IPSRS, laundry, gudang, dan kamar jenazah), pembangunan fasilitas jemuran pada lantai 2. Dilanjutkan dengan pembangunan fasilitas IRNA tahap 2, pematangan fasilitas parkir dan lansekap. Tahap akhir penunjang adalah pembangunan fasilitas ruko dan mushola.