RSUD Balikpapan dibangun di atas lahan yang cukup besar dan memadai. Rumah Sakit ini dibangun dengan tujuan peningkatan layanan kesehatan bagi masyarakat kota Balikpapan. Pembangunan rumah sakit ini dibagi menjadi tiga pentahapan, tahap pertama adalah pembangunan gedung bagian depan dan masjid, tahap kedua adalah pembangunan gedung bagian tengah kawasan, dan tahap terakhir adalah penyelesaian kawasan secara keseluruhan. Pentahapan ini dilakukan sesuai dengan dana yang tersedia serta kebutuhan pasar yang terus berkembang.