Sesuai dengan kebutuhan kapasitas pelayanan, aspek utama dalam Masterplan fisik RSI Siti Khodijah Kebumen ini adalah pengembangan fasilitas maupun kapasitas tempat tidur (25 TT) secara bertahap dari bangunan serta fasilitas yang sudah ada. Pengembangan dilakukan melalui fase Primer (72 TT), fase Optimum (113 TT) dan fase Excellent (197 TT).

Pada tahap akhir pengembangan, kualitas fasilitas penunjang sudah semakin baik/komplit (meningkat) dan jumlah IRNA yang optimal mencapai lebih dari 100 bed. Bangunan dikembangkan menjadi 3 lantai, dengan pembagian zonasi tiap lantai untuk IRNA adalah geriatrik-bedah untuk lantai 1, kebidanan-anak untuk lantai 2 dan umum untuk lantai 3.

Dari karakter bangunan yang sudah ada, bangunan baru dirancang dengan karakter modern, bersih, serta mencitrakan pelayanan kesehatan dengan mutu teratas bagi warga masyarakat Kebumen dan sekitarnya.